La coltivazione in serra o tunnel non comporta solo vantaggi.
La prima criticità che occorre sottolineare è di tipo strutturale, prima ancora che agronomico: serre e tunnel in funzione in Italia sono ancora in larga misura caratterizzate da scarso impiego di tecnologia e automazione, rendendo più difficile il controllo e il mantenimento di condizioni ambientali ottimali per sviluppo delle colture e al contempo generando un elevato fabbisogno di manodopera per la loro gestione. Il Paese “faro” in Europa per l’elevato grado di avanzamento tecnologico delle sue serre è l’Olanda.
Occorre poi fare considerazioni di carattere squisitamente fitoiatrico: il tasso di umidità dell’aria sotto serra o tunnel è spesso elevato (soprattutto in assenza di sistemi di ventilazione forzata) e questo può favorire lo sviluppo di malattie fungine, peronospora e botrite in primis, ma anche di batteriosi come quelle da Pseudomonas syringae, Xanthomonas campestris ed Erwinia carotovora. I rischi di infezione e l’entità dei danni dipenderanno anche dal fatto che si stiano coltivano orticole da foglia, da frutto o da seme.
Anche alcuni parassiti sono particolarmente temibili sotto serra. Tra questi insetti come Afidi, Tripidi e Aleurodidi e Acari come il ragnetto rosso, in grado di provocare danni alla parte epigea della coltura e, in taluni casi, anche di trasmettere virosi.
Ma anche dal suolo possono provenire problemi: larve di Elateridi (Coleotteri), funghi responsabili di marciumi e, soprattutto, varie specie di Nematodi possono provocare danni diretti ad apparati radicali e coletti e/o, ancora, trasmettere virosi.