Nei tessuti di tutte le piante vivono microrganismi di vario tipo, stabilmente o per una parte del loro ciclo vitale. Per questa loro abitudine di vita, essi prendono il nome di endofiti.
Si tratta di batteri, funghi e altri microrganismi che approfittano di questo ambiente “protetto” e che spesso influenzano positivamente la fisiologia della pianta, in particolare facilitandone l’approvvigionamento in elementi nutritivi e promuovendone la crescita. L’influsso dei microrganismi endofitici sul comportamento della pianta è talmente importante da aver generato il concetto di Map, Microbiome-Associated Phenotype, ovvero fenotipo correlato al microbioma. Essi contribuiscono inoltre a migliorare la resistenza a vari stress, al punto che talora si osserva un incremento nella numerosità e varietà dei microrganismi endofiti presenti in piante sottoposte a condizioni di particolare stress. In taluni casi, grazie a fenomeni di coevoluzione a lungo termine di piante ed endofiti, questi ultimi hanno acquisito la capacità di sintetizzare composti chimici originariamente prodotti dalla pianta ospite.