Come si caratterizza il microbiota di una matrice, per esempio di un suolo?
“Si possono utilizzare metodi tradizionali come la conta su piastra con terreni più o meno selettivi per funghi, attinomiceti e batteri, che hanno essenzialmente lo scopo di discriminare i microrganismi presenti nella matrice, oppure applicare analisi di tipo molecolare che possono dare anche una risposta quantitativa (PCR quantitative, Sequenziamento con metabarcoding), eventualmente unite ad analisi delle attività enzimatiche presenti. Le varie tecniche possono trovare applicazione in ricerche dagli scopi diversi: per esempio, in agricoltura può essere utile effettuare analisi del microbiota del suolo prima e dopo l’applicazione di tecniche colturali in grado di influenzarne gli equilibri microbici, per valutarne l’impatto positivo o negativo. Lo stesso può valere per qualsiasi tipo di fenomeno perturbativo, compresi quelli meteorologici”.
Una volta individuati microrganismi potenzialmente utili, come li si conserva?
“Si realizzano delle collezioni di ricerca all’interno delle quali i microrganismi, dopo essere stati caratterizzati, vengono conservati. Il Dipartimento di Biotecnologie dell’Università degli Studi di Verona ha istituito nel 2021 la propria collezione di microrganismi, denominata VUCC-DBT (Verona University Culture Collection – Department of Biotechnology), di cui sono responsabile scientifica insieme alla Prof.ssa Giovanna Felis, che ne è la curatrice, e di cui fanno parte circa 300 batteri e 200 lieviti di interesse in ambito agrario, alimentare e ambientale. Grazie a essa, il Dipartimento è diventato Ente associato della Joint Research Unit di MIRRI-IT (Microbial Resource Research Infrastructure – Italian node), a sua volta parte di MIRRI, la più grande infrastruttura pan-europea di ricerca nel settore delle collezioni di microrganismi, che ha come scopo la conservazione e la distribuzione di microrganismi e/o loro derivati per favorire la conoscenza e l’innovazione in ambito accademico e industriale. Nel 2022 ha preso il via un importante progetto, SUS-MIRRI.IT Strengthening the MIRRI Italian Research Infrastructure for Sustainable Bioscience and Bioeconomy, nell’ambito del programma PNRR Infrastrutture, che consentirà alle collezioni di microrganismi coinvolte nel progetto di essere potenziate, in termini di implementazione della strumentazione e caratterizzazione delle biorisorse microbiche già presenti e l’inserimento in esse di nuovi microrganismi”.
Cosa comporta mantenere una collezione di microrganismi?
“Occorre utilizzare i metodi di conservazione più adatti per i diversi microrganismi, che più comunemente sono la crioconservazione e la liofilizzazione. Serve la strumentazione adatta: per esempio, freezer che vadano a -80, -110 o -150°C a seconda dei casi. Uno degli obiettivi del progetto di ricerca recentemente finanziato dal PNRR è proprio quello di valutare i metodi di conservazione migliori per i nostri microrganismi, che ne assicurino la vitalità nel tempo”.